寺中殿宇規模宏大，有三重院落。「金剛座舍利寶塔」就座落在三重院落的後院，所以寺又俗稱為「五塔寺」，蒙語稱「塔奔·斯普日嘎」。塔建於清雍正五年，雍正十年落成（西元1727年至西元1732年）。塔連同寺廟又稱為「五塔寺召」。寺在三世活佛以後，再沒有尋找「呼畢勒罕」(活佛)的轉世，香火於是逐漸衰落，佛殿塌毀，唯有寶塔倖存。

「金剛座舍利寶塔」主要由台基、金剛座和頂部 5個玲瓏寶塔三部分組成。平面呈凸字形。寶塔，是一個在金剛座上建有５個玲瓏舍利小塔的建築，當地人們通稱為「五塔」。根據佛經記載：金剛界有五部：佛部、金剛部、寶部、蓮花部、羯磨部、五座小塔各代表一部。建築形式源於印度。據說：釋迦牟尼涅磐後，弟子為紀念他，建造一座與五塔這種式樣類似的塔，所以又稱為「佛陀伽耶式塔」。此種形式的佛塔在中國出現得較晚，也比較罕見。

寶塔通體採用磚石砌築結構、以白色石料鑲邊包角作重點裝飾。塔身高１６．５米，比例嚴謹，造型優美。塔身外面飾以雕刻加工塗釉的琉璃磚，琉璃用於受光強烈的挑簷和塔剎，一經日照更能顯出琉璃的光彩，加上在邊緣和轉角處以白色條石鑲嵌，使整座塔呈現出獨特的印度風格。

金剛座共７層，坐北朝南，座高7.85米，面寬11.32米，縱深9.98米。建築在高一公尺的台基上，下層的束腰須彌座上簷的白條石上，一層簷下鑲嵌著蒙、藏、梵3種文字所書之《金剛經》經文，刻工細緻，字體工整。還有浮雕五方佛座騎圖案：象、獅、馬、孔雀、迦樓羅以及法輪、寶瓶、金剛杵等七珍寶，及佛教吉祥物等花紋圖案。

金剛座的南面正中開一券門，門旁為四大天王像，守護在券門的兩側，更顯得塔肅穆、威嚴。門首上正中央，嵌著以蒙、 藏、 漢 3種文字鐫刻在漢白玉石上的「金剛座舍利寶塔」字樣的匾額，正中寶塔上有石刻佛足，象徵著對佛祖釋伽牟尼的紀念。

須彌座的上面作七層綠色琉璃瓦短挑簷，每層簷下並列鑲嵌著許多佛龕，龕內設置1尊佛像，姿態各異，栩栩如生。兩旁為寶瓶柱，龕楣上鐫刻梵文的六字真言、三組咒語等。四面上下共有佛1560餘尊，故稱為「千佛龕」。塔內用半圓磚拱，為三開間無梁殿，東西隅設有階梯能通向金剛座頂上。出口處建有一座方形攢尖亭。亭後有五座方形舍利小塔，分置於正中和四隅，正中一座有7層，高8.65米，四隅的四座，有五層，出簷形式相同。小塔玲瓏剔透、精巧秀麗，別具一格。各小塔第一層均鑲嵌佛像、菩薩及菩提樹、雲景等磚雕，刻工極其精緻。從第二層到第七層簷下，共塑有各種姿態的鎏金佛像1119尊，而全塔共有1563個鎏金佛像。五塔塔表上的磚雕石刻，可堪稱呼和浩特地區清代雕刻藝術的精品。

值得一提的是，五塔寺北牆照壁上嵌有「欽天監繪製天文圖」、中央是「須彌山分佈圖」、西面是「六道輪迴圖」，三幅線雕蒙古天文圖刻石。它是中國現存惟一用蒙古文標注的天文石刻圖，天文圖的直徑144．5厘米，十分珍貴。蒙文石刻天文圖所表現的「赤道坐標蓋天圖」，它用線刻的手法，以北天極為圓心，畫有五個同心圓，由裡向外依次為：天的北極圈、夏至圈、天赤道、冬至圈、天的南極圈。與天赤道相交的另一個雙線圈表示黃道。

這幅在二百多年前繪製的石天文圖，天球外面有四層同心圓：最外層刻十二宮和十二肖名稱；第二層刻二十四節氣名稱；第三層外側為黃道周天度數，內側為赤道周天度；最裡層刻有二十八宿名稱。全圖共繪製有二百七十個星座，星星總數達一千五百五十多顆。充分展現了蒙古族天文學家的智慧，是研究中國清代天文學史的重要實物。

「金剛座舍利寶塔」不僅是一座在建築藝術上有很高造詣的古塔建築，而且還是一座巨大的雕刻藝術品。

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