根據農委會民國80年來統計顯示，第一大風災農損（不含設施損失）是85年8月賀伯颱風180億7622.8萬元；第二大是94年7月海棠颱風77億4237.2萬元。第三大為96年10月柯羅莎76億4258.6萬元。第四名為87年10月瑞伯風災，農損66億6967.1萬元。

莫拉克颱風造成農損至今已逾68億元，若扣除設施損失，為65億2021萬元，高居18年來風災農損前5名。

不過，莫拉克所造成漁產損失，已高於賀伯風災漁產損失24億3029.6萬元，創下18年新高。

農委會公布，莫拉克颱風整體農損中，「農作物損失」27億8878萬元，農作物被害面積4萬9723公頃，損害程度27%，換算無收穫面積1萬3312公頃，受損作物以香蕉倒伏最為嚴重，被害面積達5356公頃，次為木瓜、番石榴、竹筍、葉菜類水傷等。

「畜禽損失」7億3759萬元，主要為豬死亡8萬815頭、雞死亡270萬6000隻、鴨死亡70萬9000隻。

「漁產損失」29億1116萬元，養殖魚塭受損面積為5832公頃，以台南縣、屏東縣、台南市、高雄縣等縣市受損最為嚴重。

「林產損失」1636萬元。「農業設施損失」1億6832萬元，主要為雲嘉南及高屏地區蔬菜及木瓜網室設施受損。

「畜禽設施損失」1714萬元。「漁民設施損失」1億4460萬元。「農田損失部分」6632萬元，農田流失及埋沒73公頃。980811